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【基础科研】鸟类的演化

2014-12-22 03:22:00

原文网址:https://blog.udn.com/MengyuanWang/108908685



上一篇文章讨论了中国学者在考古学的新发现,今天我来谈谈一项古生物学上的新成就,由一个庞大的国际学术联盟执行,十天前一口气发了29篇论文,其中8篇主要论文登在Science为它们出的一期特刊上,而最重要的核心论文的第一作者是一个很年轻的中国学者,叫做Zhang Guojie,2005年才从中国科学院昆明动物研究所拿到博士学位,现任深圳BGI(华大基因,原名北京华大基因研究中心,1999年在北京成立,后迁至深圳,是中国发展基因工程的主要管道,也是世界基因测序能力最高的机构。去年我在美国首屈一指的John Hopkins大学生物系问他们的系主任:光BGI一家就有全世界基因测序几十个百分比的產能,美国的基因学术界怎么竞争?她说最近几年的研究资金当然是个主要问题,不过生物系比起物理系或化学系还算好的。)的研究副主任。他们这次的大突破是依据大规模的基因分析,把鸟类的演化史搞清楚了。

Zhang Guojie(张国杰?他好像很喜欢只用他的英文名字;不过如果你的英文名字缩写是Z,却有118篇论文,其中有很多你是大合作群里的第一作者,你大概也会喜欢只用英文),他看来还不到40岁,真是英雄出在少年(40岁以下,在学术界里,的确算是少年)。

原本古生物学全靠分析比较化石上的遗传特徵,尤其是骨头和牙歯上的特徵。这当然是很不精确的,特别是自然界常有趋同演化(Convergent Evolution)的现象,针对同様的环境压力难题,不同的物种会演化出同様的解法,所以往往连不同的化石是不是来自同一个物种,都有搞错的可能,更别提建构可靠的演化树(Evolutionary Tree,或称系统发生树,Phylogenetic Tree)了。因而人类发明基因分析之后,很快地就应用在古生物学上。不过基因分析也有它自己的问题:首先,当然只有现在还存活的物种(最近可以对Neanderthal和Woolly Mammoth作分析,但那是特例,仅限于几万年内有软组织保存下来的极少数物种)才能提供基因;其次,基因分析必须对突变速度做假设,所以天生有统计不确定性;但是最大的毛病,是以往的基因分析又贵又慢,所以只能专注在很少数几个(通常是10到20个)Allele(对偶基因)上,结果是一些偶发的巧合会造成错误的解读,例如狗被驯化的过程就因此而反反覆覆,出现自相矛盾的不同说法。

BGI对世界基因测序的主要贡献,就在于解决了以往基因分析又贵又慢的毛病。到今年,分析一个完整的基因组序列(Whole Genome Sequencing)已经降到低于一千美元(人类),时间则短于一个月(任何物种),这就开了对每个有需要的病人都做全基因组序列分析的大门,在未来几年,对癌症和基因病变的患者,将有决定性的帮助。在基础学术研究上,这次对鸟类演化的系统性分析是一个很好的范例。BGI把48个有代表性的鸟类物种的全基因组序列做了出来,然后分发给不同领域的专家来做详细的比较。那八篇Science上的主要论文,依序讨论了下列的结果:1)完整而精确的鸟类演化树;2)鸟类的演化过程;3)鸟类发声能力的演化;4)鸟类性基因的演化;5)鸟类是如何失去牙歯的;6)鱷鱼(鱷鱼是现存的动物中,与鸟类血缘最近的表亲)的演化;7)脑部的发声基因在鸟类和人类之间的趋同演化;8)做了这次演化树大分析的软体程式的介绍。

我个人对这次这么多的新结果中,最感兴趣的是第二篇论文。大家应该都知道鸟类是恐龙的后代,在6600万年前小行星撞地所造成的白垩纪 - 第三纪灭绝事件(Cretaceous–Paleogene extinction event)中,75%的物种被灭絶了,包括所有非鸟类的恐龙。这次的研究发现只有三种鸟类在那个灭绝事件后存活了下来,分别是1)Galloanserae,即鶏、鸭、鹅等雉类的祖先,2)Paleognathae,即鸵鸟这些不会飞的鸟的祖先,3)Neoaves,所有其他的鸟类的祖先。有意思的是在灭绝事件刚结束后,其他大型动物都消失了,所以Neoaves的祖先当了好一段时间的顶级掠食者(Apex Predator)。顶级掠食者的生存压力和其他的动物不一様,所以可以从基因里读出来。

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